Prodi Magister PGMI Pascasarjana IAIN Pekalongan resmi berdiri sejak tahun 2020 berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 189 tahun 2020 Tentang Izin Penyelenggaran Prodi Magister PGMI Pascasarjana IAIN Pekalongan.

Prodi Magister PGMI Pascasarjana IAIN Pekalongan dipersiapkan untuk menghasilkan lulusan seperti ilmuwan, tenaga pendidik dan kependidikan, peneliti, pengembang ilmu pendidikan islam, konsultan, kepala dan pengawas madrasah.